发酵中期染菌将会导致培养基中的营养物质大量消耗，并严重干扰生产菌的代谢，影响产物的生成。
有的染菌后杂菌大量繁殖，产生酸性物质，使pH值下降，糖、氮等的消耗加速；菌体自溶，致使发酵液发粘，产生大量的泡沫，代谢产物的积累减少或停止；
有的染菌后会使已生成的产物被利用或破坏。
从目前的情况来看，发酵中期染菌一般较难挽救，危害性较大，在生产过程中应尽力做到早发现、快处理。
4、发酵后期染菌
由于发酵后期培养基中的糖等营养物质已接近耗尽，且发酵的产物也已积累较多，如果染菌量不太多，对发酵影响相对来说就要小一些，可继续进行发酵。
对发酵产物来说，发酵后期染菌对不同的产物的影响也是不同的，如抗生素、柠檬酸的发酵，染菌对产物的影响不大；肌苷酸、谷氨酸等的发酵，后期染菌也会影响产物的产量、提取和产品的质量。
发酵罐染菌的判断
状态参数的异常变化
1、染菌后pH值的异常变化
2、PO2值的异常变化
3、泡沫的异常变化
4、OD值的异常变化
发酵罐染菌途径的大致判断
1.芽胞杆菌：灭菌不彻底
2.大肠杆菌：操作过程中带来的污染
3.球菌，短杆菌：空气污染
4.噬菌体：环境原因造成
发酵罐染菌常规处理办法
1、对罐体进行清洗
2、更换进气过滤器及排气过滤器
3、检查灭菌过程中的状态
4、进行24小时无菌培养。排除罐体灭菌原因
5、环境消毒
6、严格操作规程
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5、提高发酵成功率。
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